النظام المؤسسي لجامعة سوهاج يتكون من مجموعة العاملين تحت مظلتها للقيام بالأنشطة والمهام التي يتم توزيعها طبقا لاختصاصات كل فرد و خبراته والقيام بعمليات التنسيق والإشراف تتم طبقا للقوانين و الاختصاصات ، وهو بالضرورة مُوجه نحو تحقيق أهداف الاستراتيجية للجامعة.
جهاز مكتب الإدارة العامة للعلاقات العامة والإعلام
جهاز الإدارة العامة لنظم المعلومات والتحول الرقمي
جهاز مكافحة الفساد المالي والاداري
جهاز الإدارة العامة للتنظيم والإدارة
جهاز الإدارة العامة للشئون القانونية
جهاز ادارة التطوير وتقيم الاداء لضمان الجودة
جهاز الادارة العامة للشئون الادارية
جهاز الادارة العامة للدراسات العليا
جهاز الادارة العامة للعلاقات الثقافية
جهاز ادارة الامن الجامعى
جهاز الإدارة الطبية
جهاز إدارة صندوق مكافحة الادمان
جهاز نشر وتوزيع الكتاب الجامعي
جهاز الادارة العامة لشئون الطلاب
جهاز وحدة التأهيل الوظيفى والخدمات الطلابية
جهاز وحدة علاج أعضاء هيئة التدريس بجامعة سوهاج
جهاز وحدة الطباعة والنشر وتوزيع الكتاب الجامعى
جهاز الوحدات ذات الطابع الخاص (جزاءات- كتب- العيادة النفسية)
جهاز وحدة جراحة اليد والجراحات الميكروسكوبية
جهاز وحدة معمل السموم الإكلينيكية
جهاز وحدة الاستدامة
جهاز وحدة الصيانة بكلية الطب
جهاز وحدة الامن والسلامة المهنية
جهاز وحدة النظافة
جهاز مركز الخدمات الالكترونية و المعرفيه
جهاز مركز التعليم المدمج
جهاز مركز محو الامية و تعليم الكبار
جهاز مركز ضمان الجودة
جهاز مركز تنمية قدرات اعضاء هيئة التدريس
جهاز مركز القياس والتقويم
جهاز مركز اللغة العربية لغير الناطقين بها
جهاز مركز النشر العلمي
جهاز مركز الاستشارات الهندسية والخدمات الانمائيه
جهاز مركز نور البصيرة
جهاز مركز التدريب علي نظم وتكنولوجيا المعلومات والاتصالات
جهاز مركز موازنة البرامج و الاداء
جهاز مركز حضارات البحر المتوسط
جهاز مركز الكتب
جهاز مركز الخدمة العامة لأشغال الطالبات
جهاز مركز الخدمة العامة لشبكة الإتصالات
جهاز مركز الخدمة عامة للسيارات ووسائل النقل
جهاز مركز الخدمة العامة لتسويق الخدمات الجامعية
جهاز مركز الخدمة العامة للغات والترجمة بكلية الآداب
جهاز مركز التجارب والبحوث الزراعية
جهاز مركز الخدمة العامة للإرشاد والتوجيه النفسي
جهاز مركز الخدمة العامة لصيانة الأجهزة العلمية
جهاز مركز الدراسات والبحوث الأثرية والترميم